Действие фильма разворачивается спустя два года после событий игры Final Fantasy VII. Планета стала довольно мирным местом, хотя города и вся индустрия полностью разрушены, а большая часть населения заражена синдромом "Звездного шрама". Главный герой по имени Клауд живет один и чувствует вину за то, что совершил, спасая мир. Однако рефлексировать ему осталось недолго - миру грозит новая напасть.

2065 год. После падения метеорита на Земле царят разрушение и хаос. Инопланетяне истребляют людей и грозят уничтожить жизнь на Земле. Горстки спасшихся землян оседают в городах, чтобы выжить и бороться с чужеземцами. Доктор Аки Росс решает ни за что не сдаваться захватчикам. Она знает, что заражена и скоро должна умереть, но несмотря на это, продолжает борьбу с инопланетянами. Ей помогает Доктор Сид и капитан Грэй из элитного военного отряда "Deep Eyes". Эта троица ведет изобретательную борьбу с инопланетянами, и борьба идет не на жизнь, а на смерть. Это история о чувствах, о душе, об основном человеческом инстинкте – стремлении выжить любой ценой...